滋賀医科大学は1974年10月に開学し、翌1975年4月に医学部医学科1期生が入学しました。そして1976年4月、現在の血液内科の源流となる内科学第二講座が細田四郎教授により開講されました。消化器内科を中心とした講座でしたが、血液内科の診療も担っていました。1994年5月に馬場忠雄教授に引き継がれてからも、血液内科の診療は内科学第二講座が担当していました。また、1996年4月に輸血部、1997年5月に無菌治療部が設置されました。
2002年4月、滋賀医科大学の内科各講座は大講座化されて一つの内科学講座となり、その中に7診療科が作られました。しかし、血液内科に教授は置かれず、再編と同時に消化器内科教授に就任した藤山佳秀教授が両科の運営に当たりました。そして2011年8月から血液内科の程原佳子講師が血液内科診療科長を務めました。2014年4月、消化器内科は安藤朗教授に引き継がれ、消化器内科と血液内科の両科を統括しました。そして2015年4月から血液内科の木藤克之准教授が血液内科診療科長を務めました。このようにかつては内科学第二講座に包含され、また内科再編後は消化器内科教授に統括される形式で、血液内科は診療活動を行ってきました。
2022年10月1日、内科学講座血液内科に教授が置かれることとなり、村田誠が初代教授に就任しました。同時に血液内科診療科長を兼務し、同年12月1日から輸血部長、無菌治療部長も兼務、そして2023年1月、輸血部を輸血・細胞治療部へ改称しました。
